La vie synthétique

Mathématiques, sciences humaines, anthropologie, écologie, biologie, génétique, médecine, ou encore philologie, linguistique, grammaire et autres. La vaste partie consacrée aux sciences dans leur ensemble, et dans leur unicité.
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Pataboul
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La vie synthétique

Message par Pataboul »

Une bactérie créée avec le plus petit génome viable au monde

Cet article apprendra à ceux qui l'ignorent que l'Homme est déjà capable de créer de la vie. Oh mon dieu!!
Et il a l'avantage de faire un petit historique de ces recherches. Ca me semble être une bonne entrée en matière.

Bon, on se détend, Dieu à encore un peu de boulot: Ce dont il est question, et je ne connais pas qu'on puisse faire plus, c'est créer un adn viable. C'est pas mal, mais pour se répliquer il doit encore être greffé dans une cellule débarrassée de son propre adn.
Je tente une métaphore: on a créé un système d'exploitation, pas l'ordi qui va avec.

C'est ce genre de choses qui fait que je trouve la science bien plus fantastique, surprenante, voir... magique, que dieu, les reptiliens, les fantômes et autres théories intangibles.

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TourneLune
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Re: La vie synthétique

Message par TourneLune »

C'est un peu hors sujet mais il me semble que la Science et Dieu noccupent pas vraiment les mêmes niveaux ou en tous cas ne devraient pas.

J'avoue avoir du mal à concevoir ce qu'ils ont réellement fabriqués si au final ils ont encore besoin de "l'enveloppe exterieure". S'agissait-il d'enlever des gènes d'un autre ADN ou de partir de zéro ?
"Tout ce qui ne me tue pas me rend plus fort". C'était une connerie. Du moins dans son acceptation banale et contemporaine. Au quotidien, la souffrance n'endurcit pas. Elle use. Fragilise. Affaiblit. L'âme humaine n'est pas un cuir qui se tanne avec les épreuves. C'est une membrane sensible, vibrante, délicate.
Jean-Christophe Grangé - Le Passager

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Re: La vie synthétique

Message par Chacoucas »

Tel que je comprends, ils ont réécrit une formule "inédite" et simplifiée au possible mais en réutilisant le code (ils ont probablement pas synthétisé les gènes?).

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Kirigol
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Re: La vie synthétique

Message par Kirigol »

A priori ils ont assemblé 8 petits morceaux déjà existant pour simplifier au maximum "la vie (végétative)" si j'ai capté.

Dans un domaine connexe qu'est la nanotechnoloie, cela fait déjà quelques temps que l'on a réussi à créer des molécules en assemblant des atomes. Pire, on arrive même désormais à créer un substrat qui favorise l'auto-création de molécules.

Si ces molécules (ou bactéries) avaient la capacité de se reproduire (voire de simplement se dupliquer) dans le seul but de vivre à tout prix leur auto-réplication, waw un bon film de SF ?

Quoiqu'il en soit déjà que je ne souhaite pas de t-shirt anti-odeur aux nanotubes d'argent aseptisant, imagine qu'il perde des fibres au passage à la machine à laver...
Ce n'est pas tant de "faire" cet bactérie qui m'inquiète mais qu'est ce qu'on va "faire faire" à cette bactérie. Il va bien falloir trouver un débouché économique si le labo veut des crédits de recherche. Et si ça sort comme nouvelle dans le grand public c'est qu'on est déjà à la version 4.0, alors autant qu'on nous habitue =)

Toutefois le scénario de la Grey Goo de Drexler est jugé comme fortement improbable. :roll:
Mais là je sens que c'est mon penchant pour les scénarios dystopiques qui va prendre le dessus =)
Quand on est mort, c'est pour la vie.
Avant c'était pire mais c'était mieux.
La sensation est proportionnelle au logarithme de la grandeur excitatrice (Fechner)

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Re: La vie synthétique

Message par Chacoucas »

J'étais tombé sur un article qui parlait d'une expérience informatique: création d'une colonie de mini programmes dont la tâche était de résoudre des opérations basiques. Il me semble qu'ils avaient mis en place un vague système de duplication, et ils les "récompensaient" via mémoire vive, puis ont changé les règles pour voir l'adaptabilité des comportements. Mais je ne sais plus du tout où était cet article...

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Pataboul
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Re: La vie synthétique

Message par Pataboul »

La création d’un génome de synthèse est compliquée. Par comparaison, l’utilisation de l’édition génétique (comme CRISPR-Cas9) nécessite beaucoup moins d’efforts ; elle a déjà été adoptée par l’industrie et la médecine, mais pour des applications qui nécessitent peu de modifications génétiques. Les génomes de synthèse pourraient servir à d’autres applications. Ils permettent déjà d'atteindre ce troublant résultat : une vie créée de toutes pièces par l'Homme.
Cas9 est une enzime qui permet d'éditer de l'adn, cad couper/coller des bouts d'un adn préexistant. Ici il s'agit d'un génome de synthèse, c'est plus laborieux mais, sauf erreur de ma part, c'est bien l'écriture d'un adn tout neuf.

Comme tu le dit Kiri (!), ça fait longtemps qu'on sait créer des molécules atomes par atomes, et aussi de l'adn. Il me semble que j'étais encore gamin (une 20aine d'année d'aujourd'hui) que des gens s'étaient amusé à écrire un bout d'adn codant un message, pour le fun. Ce n'était déjà plus qu'une question de temps avant qu'on en arrive là:
En 2010, l’équipe a copié le génome bactérien de M. mycoides et l’a greffé dans une autre bactérie (M. capricolum). Les cellules obtenues, JCVI-syn1.0, étaient le premier exemple de vie synthétique.
Dans un premier temps ils se sont contentés de copier de l'existant à l'identique, mais c'était bel et bien un adn entièrement écrit par l'Homme. 6 ans déjà!... Et ils n'ont pas attendu la version 4.0 pour communiquer, ça fait quelques années que je suis au courant, p'tet dès 2010. Une réussite pareil, vous vous doutez bien qu'un labo va la publier.
Que ça ne soit pas abordé dans des publication plus grand public, c'est p'tet parce que le grand public s'en fout, ou n'en saisit pas la portée. (si mon allusion à dieu et cie n'était pas très fine, le fond de ma pensée est que le "grand public" a l'attention détournée: quand on cherche la magie chez les anges, on ne regarde pas ce qui sort des labos. Mais ce n'est que mon avis et je tiens pas du tout à en débattre, restons dans le sujet)


Et la portée de ces travaux, c'est pas très compliqué: Sans réécrire tout un génome, on peu déjà écrire des gènes codant des enzymes ou autres molécules intéressantes, les insérer dans une bactérie et récolter le produit désiré.
Il y a au moins un an que cela est même accessible aux particuliers, ambiance DIY, ou makers. Je crois qu'il existe des logiciels permettant de créer des protéines, de les simuler et d'obtenir l'adn correspondant. Ensuite, comme pour le développement papier des photos numériques, il suffit d'envoyer le code informatique au labo qui vous fourni l'adn correspondant. Grosso modo, hein.

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Caligula
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Re: La vie synthétique

Message par Caligula »

En fait, la recherche d'un génome minimal a des implications dans énormément de domaines. Par exemple, en génétique de l'évolution on considérerait qu'il s'agit d'un génome primordial qui serait la base de tous les génomes connus (et encore à découvrir). Et ça permettrait d'avoir une base (une racine) pour la classification du vivant (ce qui rendrait les arbres phylogénétiques plus fiables et précis).

Dans l'industrie, ça permet d'avoir un meilleur rendement. En effet, si on utilise une cellule qui n'utilise la matière qu'on lui fourni que pour sa survie et la fabrication du produit d'intérêt, sur l'ensemble de la matière qu'on fournit aux cellules une plus grande partie est utilisée pour la fabrication et non pour des structures cellulaires non souhaitées. Parmi les applications industrielles il y a notamment la production d'insuline à destination des diabétiques. Cela fait des années qu'elle n'est plus extraite d'organes animaux mais fabriquée par des microorganismes.

Concernant la méthode de fabrication du génome, il semble avoir été initialement conçu sur ordinateur. Puis de très courts fragment ont été synthétisés puis assemblés (rien de bien nouveau, on sait depuis longtemps faire de petits morceaux d'ADN mais pas des longs). Toutefois cet ADN a dû être modifié par la suite, car il n'était pas viable. Parmi les erreurs commises je vais en rapporter une parce que c'est un peu la honte. Un des moyens employés pour identifier les gènes indispensables a été de les inactiver un à un. Seulement, l'équipe n'a pas prévu que des gènes pouvait être présents en deux versions, ce qui entraîne une compensation quand une seule des versions est inactivée. Du coup, ils ont compté des gènes comme non indispensables et en ont supprimé toutes les versions dans leur première version du génome.

Un petit mot sur l'équipe de Craig Venter. Il s'agit d'un laboratoire privé qui s'était précédemment illustré en publiant la séquence du génome humain. Il n'est pas tout à fait soumis aux mêmes contraintes que les laboratoires publiques. En particulier son financement peut-être assuré par le dépôt de brevets, par exemple : la manière dont ils ont assemblé le génome de synthèse, voire le génome lui même qui devrait servir de base à de nombreux génomes d'usage industriel.

Enfin pour terminer, ce génome n'est pas un génome minimum, puisqu'il contient des gènes qui accélère la croissance des bactéries. Ces gènes ne sont pas indispensable à la survie de l'organisme. Pour moi, les deux éléments importants sont le design de ce génome et la méthode d'assemblage (relativement efficace la création du génome est estimée à 3 semaines). Toutefois il n'existe pas encore de logiciel permettant de modéliser une protéine de manière réaliste (ils échouent tous à simuler le repliement tridimensionnel qui est primordial pour la fonctionnalité de la protéine). Donc pour le moment les molécules de synthèses doivent toujours être testées. La synthèse d'ADN concerne donc essentiellement la reproduction de déjà existant ou de très courtes séquences qui ont des fonctions diverses en biologie moléculaire (étiquettes, amorces pour PCR, sondes pour le marquage de l'ADN par hybridation).
"Les gens aiment bien inventer des monstres et des monstruosités. ça leur donne l'impression d'être moins monstrueux eux-mêmes." Andrzej Sapkowski

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