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Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Mathématiques, sciences humaines, anthropologie, écologie, biologie, génétique, médecine, ou encore philologie, linguistique, grammaire et autres. La vaste partie consacrée aux sciences dans leur ensemble, et dans leur unicité.

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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar pixelvois » Jeu 25 Oct 2012 17:07

Allez, puisque Zyghna n'a pas encore pris le temps de le faire :2deg , je vais m'aventurer dans une tentative d'explication qui reste quand même à prendre avec des pincettes ( c'est juste ce que j'en comprend, ce ne sont absolument pas mes domaines de compétence, et je suis - très - loin d'être infaillible :wasntme: ).

Gène marqueur : gène caractéristique permettant de reconnaître à coup à peu près sûr l'espèce qui le possède. Néandertaliens et Homo Sapiens n'ont donc pas les mêmes, ceux cités par Zyghna n'apparaissant que chez Homo Sapiens.

Concernant l'autisme et la schizophrénie, Zyghna ne laisse pas entendre que c'est communément admis et prouvé que ça a des origines génétique, ni que les gènes, sans être les seuls en cause, participent au développement du "trouble" de manière certaine, mais que ces trois gènes auraient ( conditionnel induit par l'utilisation du verbe "incriminer" = mis en cause ) un lien avec la probabilité ( possibilité, mais non prouvé = postulat ) de déclenchement de la schizophrénie et de l'autisme...

:2deg Ce que l'on peut en tirer comme enseignement, c'est que Néandertalien et Denisovien, s'ils avaient peut-être moins de risque d'autisme et de schizophrénie, avaient sans doute moins de plaisir que Homo Sapiens : là où y'a du gène... :geek1:
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar Zyghna » Jeu 25 Oct 2012 17:48

Parfaite l'explication Pix!

Et effectivement, certains gènes sont incriminés dans les "pathologies" mentionnées. Toutefois, le fait d'être porteur du gène n'implique pas automatiquement un déclenchement du trouble. Il augmente fortement les risques.
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar Meggie » Ven 26 Oct 2012 08:27

Tout s'éclaire ! Merci pixel et Zyg (j'me permets un peu d'familiarité).
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar Doonarrala » Ven 16 Nov 2012 06:22

Voici un documentaire diffusé sur Arte actuellement, qui traite justement du sujet débattu dans ce fil :
Le Néandertal en nous
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar Zil2blé » Ven 16 Nov 2012 10:40

Zyghna a écrit:Le fait que l'on ne retrouve pas les gênes de Néandertal dans les populations africaines et américaines pose aussi question, de même que la découverte récente de plusieurs autres hominidés.

Ben au contraire, ça se recoupe : Il n'y avait pas d'homme de Néandertal en Afrique (pas de restes trouvés)
Pour les amérindiens, c'est plus complexe, vu qu'ils se sont isolés sur ce continent il y a 14 000 ans, soit 14 000 ans après la disparition de Néandertal. Cela voudrait dire que l'hybridation aurait été marginale au début, et qu'à -14 000 ans les populations mongoloïdes qui ont passé le détroit de Berhing n'étaient pas encore touchées par cette hybridation. Celle-ci, opérée par exemple en Europe, ou dans quelques noyaux, a progressé au rythme des brassages de la population eurasiatique. Tu peux en dire plus sur l'hypothèse d'une autre espèce qui aurait transmis les gènes de Néandertal? Plus récemment ? Y a t-il des restes découverts correspondant à une autre espèce d'hominidés dans les 20 000 dernières années ?
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar Mars vigila ! » Ven 25 Jan 2013 19:35

Je déterre ce topique en y ajoutant ce texte qui résume bien le problème posé par l'hybridation avec l'homme de Neandertal et avec l'homme de Denisovan.

La paléogénétique révèle une humanité éclatée Par Laurent Alexandre

Le séquençage de l'ADN ne concerne pas que les êtres vivants. Il est désormais possible de séquencer l'intégralité des chromosomes d'individus morts depuis bien longtemps et donc des espèces disparues. L'ADN se conserve près de cent mille ans à condition que l'environnement ne soit pas trop chaud et humide. A partir des quantités infimes d'ADN résiduel dans les squelettes, les généticiens peuvent reconstituer la totalité du génome grâce à la technique d'amplification qui permet de multiplier un grand nombre de fois les séquences. La paléogénétique, cette nouvelle science qui aurait semblé utopiste il y a seulement dix ans, clarifie à grande vitesse l'histoire de l'humanité.

Depuis cent mille ans, plusieurs espèces d'hommes ont disparu - Neandertal il y a moins de trente mille ans, Denisovan en Sibérie, l'homme de Flores en Indonésie. Le séquençage de Flores (Homo floresiensis) - homme de faible corpulence possédant un crâne (et donc un cerveau) très petit, vivant en Indonésie - a échoué à deux reprises tant l'ADN a été abîmé par le climat tropical de la zone de sépulture. Mais Neandertal et Denisovan ont été séquencés avec succès alors même que cette dernière espèce nous est connue uniquement par un fragment de phalange et deux molaires !

La comparaison des génomes de Neandertal, de Denisovan et de l'homme moderne éclaire d'un jour nouveau notre histoire. On sait aujourd'hui que certains humains (notamment les Mélanésiens modernes) ont hérité d'environ 6 % d'ADN de Denisovan lors du passage de leurs ancêtres en Asie. Ce mélange génétique ne se retrouve pas chez les Européens ou les Africains. On sait aussi qu'il y a eu un métissage des Eurasiens avec Neandertal, qui se serait produit lors de la sortie d'Homo sapiens d'Afrique, il y a environ soixante-quinze mille ans. Son ampleur reste à préciser parce que le premier séquençage réalisé n'est pas assez précis : la technique utilisée en 2010 est moins performante que celle mise au point en 2012 pour séquencer Denisovan.

Autrement dit, certains groupes d'hommes vivant aujourd'hui sur Terre sont issus du métissage, il y a quelques dizaines de milliers d'années, après leur sortie d'Afrique, d'hommes modernes et d'hommes archaïques. Grâce au séquençage des ossements présents dans les armoires des paléoanthropologues, il est probable que nous découvrirons de nombreux autres métissages, peut-être même avec des hommes encore plus archaïques - par exemple des Homo erectus.

Le séquençage des restes humains génère déjà des conflits politiques. La conception - politiquement essentielle - d'une humanité unique est en train de voler en éclats. Plus préoccupant, certaines des séquences génétiques héritées du métissage avec des hommes archaïques concernent des gènes gouvernant l'organisation cérébrale et impliqués dans le fonctionnement des synapses neuronales. Le débat sur la notion de race, sur l'égalité entre elles, que l'on espérait à jamais enterré, pourrait resurgir. Les humanistes devront être vigilants et veiller à ce que ces troublantes découvertes paléogénétiques ne deviennent pas des arguments aux mains des idéologues racistes.
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar Louise » Lun 28 Jan 2013 19:48

Pour rebondir sur le sujet, je me demande comment ils ont pu aboutir à ce chiffre de 6% des gènes de Denisovan qui ont été légué à l'espèce humaine. Si quelqu'un a des références pour m'expliquer ça, je prends. Pareil, comment on arrive à une conclusion que c'est plus hybridation que ancêtre commun simplement en étudiant des génomes, voire des parties de génome?
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar Zyghna » Lun 28 Jan 2013 20:38

Pour l'hybridation, plutôt que l'ancêtre commun, c'est que c'est la solution la plus plausible en l'absence du potentiel ancêtre commun. L'ancêtre commun rajouterait une inconnue et donc complexifie le problème. Mais la possibilité qu'il existe n'est pas exclue. Pour le côté purement scientifique, je passe mon tour, je ne m'y connais pas assez pour te répondre.
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar Numii » Ven 1 Mar 2013 09:54

Merci pour ce topic très intéressant et surtout très bien expliqué. Je regretterais presque de ne pas avoir fait d'études d'archéologie comme je l'avais envisagé pendant un temps!
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar Hoppy » Mar 12 Mar 2013 08:45

Je ne sais pas si cet article rentre exactement dans le cadre de ce sujet, si ce n'est pas le cas Merci de le déplacer.

C'est un peu compliqué pour moi pour vous le résumer, je vous laisse découvrir comment des scientifiques ont été confronté à un homme dont le chromosome Y chamboule un peu la théorie de Darwin.

L'homme qui ne descendait pas d'Adam:
http://passeurdesciences.blog.lemonde.f ... as-d-adam/
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar Louise » Mar 12 Mar 2013 09:32

Oui je l'ai lu hier et je voulais le mettre aussi. Génial, non?
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar Zyghna » Mar 12 Mar 2013 17:57

Mouais, il faudrait lire l'article original parce que le résumé me laisse très sceptique: j'aimerai bien savoir comment un labo décide d'analyser un échantillon d'ADN d'un inconnu, envoyé on ne sait pourquoi, possiblement contaminé, et à partir d'une étude remettre en cause la lignée humaine (qui d'ailleurs n'est pas retraçable pour les périodes anciennes faute d'échantillons conservés - cf. les problèmes de prélèvement et de conservation de l'ADN précédemment évoqués).

Ensuite, le fait que plusieurs espèces se soient croisées n'est pas une nouveauté: évidemment qu'Homo Sapiens n'a pas surgit du néant, il découle de croisements, de mutations, d'adaptations.

Mais bon je ne connaissais pas l'Adam génétique ^^
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar sylveno » Ven 6 Sep 2013 11:17

« Néandertaliens et Homo Sapiens se distinguent pas quelques gènes marqueurs différents: ainsi les gènes NRG3 et CADPS2 AUTS2 (incriminés dans la probabilité de déclenchement de la schizophrénie et de l'autisme), sont absents chez le Néandertalien et le Denisovien. »

Cela voudrait-il dire que les africains, qui ne sont donc pas hybridés, auraient une susceptibilité plus élevée au TSA et à la szhizophrénie ?
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar Zyghna » Ven 6 Sep 2013 12:38

D'une part, on sait seulement que ces gènes sont impliqués dans ces pathologies, mais en aucun cas ce qui les déclenchent. D'autre part, le taux d'hybridation est très dilué, même chez les populations eurasiennes.
Nous sommes tous des Homo Sapiens Sapiens aujourd'hui, et tous mélangés les uns avec les autres.
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar Gabalus » Sam 6 Sep 2014 16:33

Un petit "up" :

http://www.franceinter.fr/player/reecouter?play=964404

Et encore merci, Zyghna !
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar helix » Mer 8 Oct 2014 14:03

Merci pour ce sujet très intéressant. Je n'ai pas lu la totalité des échanges de ce fil, et peut-être a-t-il déjà été répondu à cette question dans la suite, mais je n'ai pas compris du tout pourquoi Zyghna disait que la réhybridatation entre espèces considérées autrefois comme génétiquement séparées (càd sans possibilité de donner des descendants eux-mêmes fertiles) remettait en cause les théories darwiniennes. C'est une affirmation qui m'étonne beaucoup, tout ce qu'elle a décrit dans son excellente présentation en entrée étant tout à fait conforme aux processus décrits dans la théorie de "descendance avec modification" de Darwin.
Je ne comprends pas non plus en quoi le fait que des gènes néanderthaliens se baladent dans les humains actuels, préférentiellement dans l'hémisphère nord, pourrait étayer des pseudo-théories racistes. Jusque là j'avais plutôt entendu que Néanderthal semblait avoir été moins culturellement développé que sapiens ?? Et de toutes façons, nous sommes actuellement (par un accident de l'histoire, pas par nécessité) une seule et unique espèce humaine.
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar Zyghna » Jeu 16 Oct 2014 08:46

Petite mise à jour scientifique.

Tout d'abord deux émissions de Jean Claude Ameisen, je vous conseille d'aller éplucher le site, la bibliographie utilisée est toujours mise en ligne
Neandertal en nous (1)
Neandertal en nous (2)

Question ouvrage, je vous invite également à consulter la publication récente des actes du colloque sur l'archéologie au laboratoire, dont les interventions ont servi de base à la création de ce topic.
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar Mei Run » Jeu 10 Sep 2015 10:29

Je viens de tomber sur cet article, qui explique qu'on a découvert récemment une nouvelle espèce d'homo en Afrique du Sud, avec un comportement funéraire assez étonnant pour une "espèce" si ancienne, d'après les chercheurs : http://www.stuff.co.nz/science/71938928 ... scientists
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar Dame_du_Lac » Sam 26 Mar 2016 12:07

Le sujet date un petit peu, mais est vraiment passionnant et comme beaucoup, je remercie Zyghna d'avoir partagé ici ses connaissances.
J'ai besoin d'un petit approfondissement sur le sujet, en espérant avoir compris l'essentiel.

Quel serait le déclencheur de la possibilité d'hybridation des espèces ? Je précise : si l'hybridation n'est possible qu'en cas de crise, quel serait le facteur déclencheur avant l'extinction d'une espèce ? Y aurait-il un "seuil" à ne pas franchir dans l'appauvrissement de la diversité génétique ?

Et à ce moment-là quels processus génétiques seraient mis en oeuvre pour permettre l'hybridation ?


Au-delà des hominidés, je pense notamment aux guépards menacés d'extinction justement parce que le nombre d'individus est réduit (environ 10.000 si ma mémoire ne me fait pas défaut) et parce que leur diversité génétique est déjà très faible. Si ces données nous apportent un éclairage sur nos origines, elles peuvent également être utiles pour prévenir l'extinction de certaines espèces.
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar Caligula » Dim 27 Mar 2016 19:57

Je ne suis pas sûr de bien comprendre les questions, mais comme je vais répondre de manière très générale ça risque de tomber juste.

Quand on considère l'impossibilité d'avoir une descendance entre deux espèces, ou deux individus dont on ignore s'ils sont de la même espèce ou non, plusieurs paramètres peuvent intervenir. Tout d'abord des paramètres morphologiques, des paramètres cellulaires, et enfin des paramètres génétiques.

Morphologiquement, c'est assez simple, la fécondation d'une souris par un éléphant c'est un peu problématique (en Fécondation In Vitro, FIV, un peu moins, mais pour les définitions les plus strictes, ça exclu pas mal d'hybridation).

Ensuite, si l'étape de l'accouplement est possible (ou réalisée par FIV), il reste des problèmes cellulaires. Par exemple, la morphologie des spermatozoïdes peut jouer. Par exemple, ci dessous un spermatozoïde de souris :
Image
De même, comme je l'ai décrit ici, l'ovocyte et le spermatozoïde se reconnaissent par des molécules qu'ils portent à l'extérieur de leur membrane. Si les molécules ne peuvent pas se lier l'une à l'autre et déclencher la fécondation, l'hybridation n'est pas possible (sauf Injection IntraCytoplasmique du Spermatozoïde, ou ICSI). [Au passage, j'avais dit également que le spermatozoïde de souris ressemblait à l'humain, dans mes souvenirs c'était le spermatozoïde de taureau qui avait une forme de faucille, j'ai donc corrigé cette erreur.] Donc, l'équipement des gamètes (ovocyte ou spermatozoïde) peut être un facteur de spéciation également.

Il existe également, des réarrangement chromosomique entre les espèces (par exemple, il a été mis en évidence chez 5 primates, dont l'homme, que de nombreuses régions de l'ADN était conservées, avec une organisation similaire, mais avec également des fractions ou des fusions de chromosomes, Muller & Wienberg 2002 Human. genet 109, 85-94)*. Du coup, quand la fécondation est réalisée, on se retrouve avec une cellule qui a soit un chromosome de moins, soit un chromosome de plus (selon le point de vu considéré). C'est quelque chose d'un peu gênant pour la cellule, en particulier au moment des divisions cellulaires.
Image

On voit sur le schéma ci-dessus que les chromosomes sont tenus par des traits noirs, qui représentent des structures cellulaires (en l'occurrence des microtubules). Chaque chromosome dédoublé est tenu puis tiré de part et d'autre de la cellule, ce qui permet aux deux cellules filles d'avoir un chromosome simple. Avec un chromosome supplémentaire, ce processus peut "buguer", et le chromosome est perdu dans certaines cellules. Or comme il porte des gènes peut-être important, les conséquences peuvent être très importantes. Il peut même y avoir un processus de nettoyage car la cellule considérera qu'il s'agit d'une erreur de duplication :"Tiens, j'en ai fait une copie partielle toute moche, je vais arranger ça".

En ce qui concerne donc les réarrangements chromosomiques, le problème est donc que ça peut mener à la perte de certains gènes importants (parfois à l'inverse à l'augmentation du nombre de certains gènes, ce qui peut être très génant). En plus, en meiose, c'est encore problématique puisque chaque chromosome est supposé s'apparier à son homologue.

Enfin, quand il y a spéciation, il y a généralement divergence génétique.Derrière le terme barbare, se cache en fait le fait qu'il y a perte, gain, ou grande modification d'un gène. Et c'est également parfois gênant. Par exemple, si les deux copies d'un gène doivent être exprimés par exemple pour permettre une production d'énergie suffisante, et que l'une des copies est en fait une version qui a divergé pour aider à digérer la banane sans jouer son rôle dans la production d'énergie, la cellule aura des problèmes (donc l'individu aura des problèmes, et ne naîtra peut-être même pas).

Voila biologiquement ce qui participe à la formation d'espèces. Mais après, il y a aussi d'autres facteurs. Par exemple des facteurs géographiques. Par exemple, les grizzly et les ours polaires ne s'hybrident généralement pas. Mais sous certaines conditions (par exemple la constitution d'un pont de glace au niveau de l'Alaska) une espèce migre et rencontre l'autre, et un hybride est engendré.

Si on transpose à l'humain, il est donc possible que des migrations causées par la nécessité (disparition de ressources alimentaires, changement climatique, invasions), ou même l'envie d'explorer, aient conduit à l'hybridation d'espèces d'hominidés. Donc, oui, dans certains cas "une crise" peut mener à l'hybridation d'espèces.

Concernant le guépard, une solution pourrait être la ségrégation de deux populations qui devraient diverger génétiquement. C'est à dire qu'ils devraient peu à peu acquérir et fixer des variations différentes. J'ai cru comprendre (je n'ai pas pu le vérifier), que ça ne fonctionnait pas parce que de base peu de mutations étaient tolérées chez les guépards.

Je ne pense pas qu'il y ait de base un "interrupteur" génétique pour sauver les espèces de la disparition. En revanche on doit pouvoir calculer une "zone" dans laquelle il y a suffisamment peu de mutations pour avoir des effets délétères trop répandus et suffisamment de diversité génétique pour assurer la survie de l'espèce. Il existe également quelques modèles mathématiques développés en génétique des populations (domaine que je maîtrise trop peu pour en faire un résumé concis, clair et fiable). Si certaines personnes sont intéressées, vous pouvez je pense vous tourner vers des ouvrages comme : "Précis de génétique des populations : Cours, exercices et problèmes résolus" par Jean-Pierre Henry et Pierre-Henri Gouyon publié chez Dunod, et pour un point de vu très complet "Génétique des populations" publié également chez Dunod. Le premier coûte 20 euros, et le suivant est plus cher, mais devrait être disponible à l'emprunt dans une bibliothèque universitaire pas trop loin de chez vous, voire dans une bibliothèque toute proche.

*La publication n'étant pas disponible gratuitement, je n'ai donc pas joint la figure, si certains veulent y jeter un oeil, je veux bien leur envoyer en MP avec un commentaire sur ce qui est présenté.
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Re: Paléogénétique: de la dissolution du mythe des espèces.

Messagepar baptiste » Dim 27 Mar 2016 21:25

Bonjour, a tous,

Je viens de lire ce thread dont le sujet m’intéresse pas mal, je me pose cependant la question de comment ils déterminent le pourcentage de gènes (par exemple néandertalien) dans notre ADN, quand on sait que l'on partage la majorité de nos gènes avec le chimpanzé moyen (98% de mémoire) et pas loin de 50% de nos gènes sont identiques à celui d'une salade verte, comment peut on dire que 6% de nos gènes viennent de Neandertal ? En toute logique ce devrais être plus non ? (vu qu'on à des ancêtres communs).

Je précise que je suis totalement novice dans le domaine de la génétique, donc il y a de fortes chances que je me plante totalement, ou que je compare des choses qui ne sont pas comparables, mais je suis preneur, pour une bonne explication compréhensible pour le commun des mortels. Je précise aussi que les chiffres que j'avance sont de vagues souvenirs d'articles lus et que je suis probablement pas dans les clous de la réalité.

J'ai aussi souvenir d'avoir lu un article qui expliquais que certains virus et bactéries avaient transmis une partie de leur matériel génétique a notre ADN afin d'être mieux intégrés (par exemple les mitochondries, qui à l'origine sont des bactéries mais qui sont désormais totalement intégrées au corps humain), du coup on serais une espèce de chimère génétique non ? dans ce cas la ou se situe la notion d'espèce ?

Merci pour vos explications
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